Kesultanan Cirebon setelah diduduki Belanda dan rajanya diganti bukan keturunan Sunan Gunung Jati, maka keturunan Sunan Gunung Jati keluar dari keraton mendirikan pesantren di hutan hutan. Berikut laporan H. Sujaya jurnalis citizen Indramayu.
Menurut sejarah sejak Belanda menjajah Kerajaan Caruban Nagari (Keraton Pakungwati) pada TH. 1667 M. dan Keraton Pakungwati dipecah menjadi 3 Keraton yaitu: Kasepuhan, Kanoman, Kacirbonan dan Kerajaan Caruban Nagari dirubah menjadi Kesultanan Cirebon, maka sejak saat itu nama Caruban Nagari (Pakungwati) mulai dilupakan oleh masyarakat Cirebon dibawah kekuasaan Belanda, karena sejak saat itu Keraton Pakungwati dikuasai oleh Kesultanan Kasepuhan dan diganti nama menjadi Keraton Kasepuhan, sehingga para Sultan dan para Pinangeran banyak yang keluar dari Keraton dan mendirikan pesantren di hutan untuk menyusun pemberontakan melawan Belanda dengan setrategi perang geriliya diantaranya yaitu: 1. Mendirikan Pesantren Babakan Ciwaringin, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-7 (P. Jatiraga/ K. Jatira), 2. Mendirikan Pesantren Buntet, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-11 (K. Muqoyyim), 3. Mendirikan Pesantren Kempek, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-12 (K. Harun), 4. Mendirikan Pesantren Benda Kerep, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-12 (K. Khotib Sani/ Mbah Sholeh), 5. Mendirikan Pesantren Lontang Jaya, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-12 (K. Salbiyyah/ P. Hasanudin) Sultan Kasepuhan Ke-6 yang keluar dari Keraton Kasepuhan, 6. Mendirikan Pesantren Cikalahang, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-13 (K. Madrawi/ K. Barmawi), 7. Mendirikan Pesantren Balerante, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-13 (K. Rumli).
Dengan semangat juang para santri dan para Kiai ini, maka terjadilah peperang santri melawan Belanda di Cirebon terutama perang Kedongdong yang membuat Belanda kalah, namun kekalahan ini dirahasiakan oleh Belanda berdasarkan Beslit No.1 tanggal 8 Pebruari 1818 agar Letkol Tacts tidak mengumumkan kepada publik dan sebagai penggantinya mengirimkan berita keberhasilannya memadamkan pemberontakan di Maluku.
Setelah Cirebon merdeka para Kiai dan para Pinangeran terus mendirikan pesantren lebih banyak lagi di Tanah Jawa dan di Nusantara diantaranya: 1. Pesantren Winong, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-15 (K. Hasbullah, 2. Pesantren Arjawinangun, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-15 (K. Syathori), 3. Pesantren Kiai Fatawi (Macan Putih) Kalimati, didirikan oleh keturunan Sunan Gunung Jati Ke-16 (Kiageng Macan Putih/ Drs. H. PC. Muhammad Muslim MP) dan masih banyak lagi yang lainnya.